目前临床上认为卵巢巧克力囊肿是比较严重的，卵巢巧克力囊肿又称之为卵巢子宫内膜异位囊肿，这是子宫内膜异位症的一种。由于囊肿的大小不一如果小于五厘米，症状较轻可以暂时观察不用手术治疗，可以给予一定的药物进行保守治疗来控制囊肿的长大。如果囊肿过大，甚至大于十厘米则需要进行手术治疗，因为这种囊肿随着月经期雌孕激素的改变，会导致囊肿内出血增加，压腔内的压力增大容易引起周围组织的广泛粘连活动也是比较差，此时容易导致患者引起剧烈的腹痛，甚至伴有恶心、呕吐、肛门坠胀感。而且较大的囊肿随时有破裂的可能性也有卵巢囊肿蒂扭转发生的可能性。所以一旦确定为卵巢巧克力囊肿一般都是需要治疗的，可以选择药物治疗必要时也可以进行手术治疗。

对于巧克力囊肿的女性，即使行腹腔镜手术将其切除，但由于在手术的过程中，并不是能够100%将异位的子宫内膜组织完全清除干净，所以在手术以后，仍然可能出现巧克力囊肿复发。对于巧克力囊肿复发的女性，如果这时囊肿比较小，痛经症状又不是特别严重那可以通过药物来保守治疗，比如口服达拉唑，或者是孕三烯酮。还可以考虑直接在月经期间，服用非甾体类的抗炎药，来进行对症止痛治疗。同时对于有生育要求的女性，一般在巧囊复发以后都不是特别大，所以可以考虑尽早备孕怀孕，因为在怀孕以后巧克力囊肿就会萎缩变小，甚至是可能自愈。但如果巧囊复发以后又超过5厘米，这时保守治疗效果不佳，就只能够考虑再次行腹腔镜手术将其切除，术后需要肌注曲普瑞林来避免巧囊的复发。

巧克力囊肿是属于最常见的子宫内膜异位症，就是由于女性的子宫内膜异位到卵巢上，周期性的增生萎缩坏死而导致，这时不但会引起进行性加重的痛经表现，还可能出现卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。由于卵巢巧克力囊肿容易反复发作出现，所以巧克力囊肿并不是一定能够完全治愈，但对于大部分女性，在通过腹腔镜手术以后，将卵巢巧克力囊肿切除，术后再继续肌注亮丙瑞林，或者曲谱瑞林来治疗，通常就可能将巧克力囊肿治愈。但对于手术后出现巧囊复发的女性，只能考虑对症进行止痛治疗，必要的时候还需要二次进行手术治疗。而且还有的女性即使行二次手术治疗，那么在切除以后仍然还可能再次复发，这时就只能考虑再进行手术或者对症治疗。

巧克力囊肿穿刺抽液术是指在超声引导下经皮穿刺抽吸巧克力囊肿内积血联合硬化剂硬化治疗。是在超声影像的引导和监视下，利用直径一点一毫米的金属针准确穿刺到“巧囊”内，穿刺路径可以是经下腹部或者经阴道，主要视患者已婚否和囊肿的位置高低以及穿刺路径上的障碍大小等因素而定，先把长期淤积的陈旧性血液抽吸掉，用生理盐水充分清洗囊腔后，再用无水乙醇或聚桂醇冲洗囊腔，使得囊腔的内皮细胞发生坏死，丧失“再出血”的能力。硬化治疗是不将囊肿剥除拿出体外的，而是使得囊肿内膜坏死，坏死组织逐渐被机体吸收达到治疗目的。穿刺硬化治疗的最大优势是真正的微创，在腹壁、囊肿壁上仅仅造成一点一毫米的细微穿刺针眼，对聚桂醇硬化剂对卵巢组织的损伤十分轻微。不过，巧克力囊肿首次治疗一般选择手术治疗。复发的患者可以选用穿刺抽液的方法。

巧克力囊肿即卵巢子官内膜异位囊肿，其内容物并非真的巧克力，而是由于内异灶出血积累了颇似巧克力汁样的囊内液而得名。巧克力囊肿形成病灶后，由于每月一次的反复病灶出血，巧克力囊肿会逐渐长大，长大的过程中，如果张力过大，囊肿就会破裂。如果内容物较多或较大，就会导致急性的剧烈腹痛；如果囊肿很小或破口很小，破口可以自然闭合，但流出去的囊内液会导致囊肿与周围器官粘连。医生检查时，包块活动性很差，这与卵巢的其他良性肿瘤不一样。其主要症状是疼痛、不孕和盆腔包块。腹腔镜手术是首选的治疗方式。但术后很容易复发。术后需要使用药物预防复发。卵巢巧克力囊肿引起不孕的原因有很多，可能是卵巢功能本身的问题，或微环境的问题，绝大多数内异症患者的输卵管都是通畅的。