无痛胃肠镜检查有一定的禁忌症,因使用的药物是中枢抑制剂，且在肝内代谢。因此患者有张口障碍、颈项或下颌活动受限、矮胖体型者会影响气道开放；有严重呼吸系统疾病、非呼吸系统疾病以及高龄衰弱等病员，妊娠都不宜做无痛内镜。消化系统疾病如食管、贲门、幽门和肠梗阻、呕吐或呕血者存在潴留液反流误吸入气管引起吸入性肺炎的风险，应在胃肠减压等预处理排出潴留液后才能进行无痛内镜。对多种药物过敏的过敏体质者不宜无痛内镜。