说到产生卵巢子宫内膜异位囊肿，其发生机制比较复杂，目前主要有两种理论：一种理论认为卵巢子宫内膜异位囊肿是倒流至盆腔的经血中的内膜碎片在卵巢表面种植生长并向卵巢皮质内侵润生长的结果，即“种植学说”；另一种理论认为子宫内膜异位囊肿是由种植于卵巢表面的子宫内膜细胞诱导卵巢间皮化生成子宫内膜腺体和间质而形成的，则为“化生学说”。