治疗肛瘘也有禁忌症。比如有血液病的、癌症晚期患者、年纪太大超过八十岁的老人，都不建议手术治疗，应尽量采用保守治疗。患有红斑狼疮、免疫系统疾病的人，由于经常吃药，也无法安排手术。另外，某些常见病如果正处于急性发作期，也不建议立刻手术。