儿童免疫系统疾病有自身免疫性疾病。自身免疫性疾病是指机体对自身抗原发生免疫反应而导致自身组织损害所引起的疾病。包括系统性红斑狼疮、风湿性心脏病、类风湿性关节炎等。自身免疫性疾病主要是由过度免疫反应所产生的大量免疫细胞和免疫球蛋白堆积所致，从而损害了正常组织，使之发生病变和功能损害。