肾囊肿的危害，主要有以下几种：1、影响肾功能。2、疼痛。3、血尿。当肾囊肿挤压集合系统后，有时会出现肉眼或者镜下血尿，可能系肾盂或肾盏黏膜毛细血管破裂所致，尿红细胞形态以均一型为主。4、影响肾脏内分泌功能。肾脏除了是一个排泄器官，还是内分泌器官，能够分泌肾素、前列腺素、红细胞生成素等，调控机体血压波动、水盐代谢、钙磷代谢，并参与造血。当肾囊肿体积过大，压迫肾脏，就有可能影响肾脏正常的内分泌功能，引起高血压、红细胞增多症等。5、引起胃肠道症状。位于腹侧的巨大肾囊肿，可能会压迫腹腔脏器，引起胃肠胀气、消化不良等胃肠道症状。