该病的治疗与病程的变化和严重程度有关。病情较轻的可在7天内出院，继续口服抗病毒巩固治疗。如果病情严重，癫痫、舞蹈病、四肢无力等症状需要康复。疗程一般为2-3周。对于继发于病毒感染的自身免疫性脑炎患者，如果对一线药物敏感，疗程约2-3周。如果对一线药物或二线药物不敏感，治疗时间较长。