扁桃体单侧疼可能是病毒感染造成。一般可在医嘱下吃抗病毒的药和清开灵颗粒来治疗，平时也要定期测量体温，也能去医院检查白细胞是否有纹身膏的现象，如果体温高于38度5，就要尽快配合医生指导吃退烧药，如果病情痊愈之后，身体免疫力太差，一般会导致扁桃体疾病反复发作。