引起扁桃体炎半夜发烧的原因可能是出现了细菌病毒的感染，有可能是室内室外的温差太大，出现了着凉感冒的情况，跟个人的免疫力弱有一定的关系。可以选择头孢类的药物来进行抗感染治疗，如果高烧不退的话，可以选择输液的方式，平时一定要注意保暖，避免着凉。