目前胎儿室间隔缺损疾病的发病原因无法确切的掌握，但是大多的患者的都是，因为在怀孕的前三个月之内患有感冒的情况，然后口服四环素类药物或者阿司匹林的药物导致的。也有可能是妊娠前以及妊娠中孕妇生活的环境因素，诱发出的疾病。如果是高龄产妇也是会增加胎儿室间隔缺损的患病几率。