当舌咽神经痛有剧烈疼痛时，可用可卡因涂于患侧口咽，可缓解疼痛。口服药物如卡马西平、苯妥英钠、加巴喷丁、普瑞巴林等。当治疗无效时，需要手术治疗。手术是切断颅骨患病侧舌咽神经和迷走神经近端的几根细丝，可以永久停止疼痛的发作。如果在手术中发现血管压迫舌咽神经，还将进行减压治疗舌咽神经痛。