皮瓣移位或丢失，皮瓣褶皱;角膜瓣下异物残留；弥漫性层间角膜炎，又称非特异性的弥漫性的层间角膜炎，或撒哈拉综合征；感染性角膜炎；角膜瓣下上皮植入；角膜瘢痕以及干眼症；营养性上皮病变，屈光的回退，过矫以及欠矫，和不规则散光；眩光，光晕，尤其是晚上出现的单眼的光晕或眩光；以及视网膜并发症。当然，只要设计合理，规范操作，许多并发症是可以避免的。