药物治疗是治疗子宫内膜异位症的一种方法，药物治疗的目的是抑制卵巢功能，阻止内膜异位症的发展。适用于有慢性盆腔疼痛，经期痛经症状较为明显，以及有生育要求，并且没有卵巢囊肿形成的患者。对于较大的卵巢子宫内膜异位囊肿，特别是卵巢包块性质未明者，这样的情况，适宜采用手术治疗。药物治疗主要的使用药物是非甾体类抗炎药、恩塞子药物，主要的作用机制是通过抑制前列腺素的合成，减轻疼痛，促进促性腺激素释放激素，也是内异症常用的药物，在短期内促进垂体LH和FSH释放后持续抑制卵巢分泌，促进显激素，导致卵巢的激素水平下降，出现暂时性的闭经，又称为药物性的卵巢切除。另外，是口服避孕药，口服避孕药物治疗目的是降低垂体促性腺激素的水平，并且直接作用于子宫内膜，导致内膜萎缩，经量减少。其他的药物还有孕激素、孕激素受体拮抗剂、孕三烯酮和达那唑等。