出现慢性腹泻后可以吃磺胺类药物，该类药物有很好的止泻疗效，不过服药时最好遵听医嘱。如果腹泻情况比较严重，则可以应用吸附性止泻药。另外，因细菌、真菌引起的慢性腹泻，可服用抗生素来抑菌杀菌，达到治疗目的。而中药上可以服用人参健脾丸、六君子丸、附子理中丸等中成药来治疗慢性腹泻。

慢性腹泻的推拿治疗方法之一就是揉外劳，也就是说按揉手背中央的外劳宫穴，再就是补脾土，也就是在脾土穴做顺时针推拿。运内八卦也是慢性腹泻常见的推拿治疗方法。除此以外，摩腹、揉脐以及按揉足三里等推拿方法也都有助于治疗慢性腹泻。

临床上确诊慢性腹泻可以根据所出现的各种不良表现，如果发现有持续性腹泻及腹痛发烧等症状，就需要高度怀疑该病发生。同时需要借助于粪便常规检查和粪便细菌学培养检查来确定病情，且要接受消化道内镜和呼气试验方面的检查，必要时可做超声波和影像学检查项目。

慢性腹泻患者可以进行实验室检查、影像学检查、黏膜活组织检查、大便常规检查、纤维肠镜检查、胃镜和小肠镜检查等等。通过这些检查方法，能够有效的判断慢性腹泻的严重程度以及病变部位，然后结合检查结果，制定最合理的治疗方案，其中纤维肠镜检查是最全面且最直接的一种检查方法。

慢性腹泻主要好发于患慢性消化系统疾病者、长时间服用洋地黄或甲状腺素者身上，饮食不规律、暴饮暴食也是高发诱因。