绝经后有一些卵巢囊肿会消失，特别是生理性囊肿，是因为卵巢分泌的雌孕激素的作用所产生的。当绝经后，由于分泌的雌孕激素水平降低，生理性囊肿通常不会出现。另外，子宫内膜异位症囊肿也有可能在绝经后缩小甚至消失，但有一部分的囊肿在绝经后是不会消失，例如浆液性囊腺瘤、粘液性囊腺瘤等，甚至可能会有新出现的卵巢囊肿。