月经干净第三天，子宫内膜的厚度为6mm，是正常现象。子宫内膜的厚度受月经周期变化的影响，经期是子宫内膜最薄的时期，大概在4到6毫米；月经刚结束时，正常厚度范围是5到10毫米；排卵前可达到9到14毫米。因此，月经干净第三天，子宫内膜6毫米是正常的。