肛瘘并非由于急性肠炎所导致，肛瘘绝大多数是由于肛周脓肿破溃或者经手术切开引流后所产生的后遗症，其和肛周脓肿是属于同一疾病的两个不同阶段。而急性肠炎大多是由于病毒或者细菌感染所导致，主要表现为腹泻、腹痛、恶心呕吐等症状;而肛瘘是肛门周围局部慢性炎症。但有些特殊类型的肠道炎症性疾病会导致肛瘘，比如溃疡性结肠炎、克罗恩病、肠结核等，这些原因所导致的肛瘘，应在控制原发疾病以后再行手术治疗。