它的处理方法主要取决于囊肿的类型、大小、部位以及是否引起症状。有一类脑袋里的囊肿，实际上是不会引起任何症状的。比如体积比较小的松果体区的囊肿、颞极的蛛网膜囊肿，特别是一些比较小的情况，还有枕大池的蛛网膜囊肿，这三类囊肿，通常都是由于先天性的病因造成的，如果在临床观察过程中，体积保持稳定，也没有引起任何的临床症状，只需要进行临床随访观察即可，而无需进行过多的干预和治疗。另外一类囊肿，是随着时间的推移会逐渐增大，并且引起患者的症状。比如体积比较大的鞍区Rathke囊肿、后颅窝桥小脑角的表皮样囊肿等囊肿类型。这类囊肿虽然也属于先天性的疾病，但是随着时间的推移，囊肿会逐渐增大，需要进行神经外科手术治疗。

蛛网膜囊肿手术的后遗症主要为神经损害，但一般不严重，对于神经功能和机体康复的影响较小。蛛网膜囊肿的手术方法包括穿刺抽吸和手术开颅。穿刺抽吸是指穿刺后将囊肿内的水分液体物质进行抽吸，使囊肿萎缩消失，达到治疗的目的。穿刺吸取只要伤口没有感染，一般不会遗留后遗症，治疗过程比较简单，但是无法保证是否会复发。手术开颅是直接将囊肿取出，达到根治的目的。手术过程中需要处理伤口、神经系统、创面及颅骨，可伤及毗邻的正常组织，术后可出现神经损害的后遗症。因此当蛛网膜囊肿符合手术适应症时应积极进行治疗，无需过度担心后遗症。

颞极蛛网膜囊肿是在颅内的颞叶前端，蛛网膜形成的包裹性的积液，本质上是蛛网膜包裹脑脊液形成的一种非肿瘤性的囊性病变，是成人及儿童中发生率较高的蛛网膜囊肿之一，是颅脑发育过程中蛛网膜发育异常导致的结构异常，不属于增生性病变，一般无需特殊处理，定期复查、观察患者症状情况即可。如出现明显临床症状，一般需采取手术切除。可以是先天性的原发性因素，也可以是后天性因素所致，先天性因素主要是胚胎时脑脊液的异常积聚加之蛛网膜下腔发育异常形成的。而后天性可以是各种原因引起的颅内出血、颅内感染或者颅内损伤造成蛛网膜粘连形成的，需要在神经外科进行评估，考虑是否需要手术治疗以免引起症状。

蛛网膜囊肿手术后遗症，主要还要看手术情况以及囊肿的位置和手术是否对于脑组织造成损伤，如果手术顺利，没有出现术后出血、感染，以及脑组织损伤，一般来说就不会有什么后遗症。如果是有脑组织损伤，损伤到患者的运动区，就有可能影响运动功能，损伤感觉区可以影响肢体感觉异常。蛛网膜囊肿手术后遗症也要考虑到手术的方式，传统的开颅手术切除囊肿的方法，也就是对囊肿开窗引流治疗或剥离治疗。这种方法，切口长，流血多、创伤重、花费多，而且易复发。而行蛛网膜囊肿腹腔分流手术，相对创伤比较小，出血少，恢复快。

蛛网膜囊肿手术后由于它的压力变化，还有术中的一些操作，导致一些混有血液的脑积液刺激脑部，还有感染性的头痛也不能完全排除，如果使用一些耗材，一些植入物，也有可能导致头痛，所以头疼的原因有很多。对于头痛，可以采取分步骤进行筛查，可以做一些腰椎穿刺，对脑积液进行化验，如果会有血性脑脊液，或是还有白细胞脑脊液，需要进行置换，保持脑脊液非常洁净，这样刺激性的头痛就会减轻或者消失，对于感染的一些头痛，要积极地使用一些有效的抗生素，进行控制感染等，还有一些良性的头痛，可以进行对症的处理，使用一些祛痛片等，这些对症处理的药物也是非常有效的。