肛瘘手术后可能会复发，导致复发的因素和几点有关：1、患者术后不注意饮食的调整、经常吃一些辛辣刺激性食物，例如辣椒、大蒜等，经常饮酒。患者术后经常吃一些腌制，油炸食品。这些食物容易导致肠道蠕动减慢发生便秘，继而容易导致肛瘘的发生。2、患者在术后生活习惯没有改变，经常久坐久蹲长时间站立，导致直肠肛门受到压迫，从而发生感染，最终复发。3、患者术后不注意肛门的部位的卫生问题。在排便前后没有进行肛门的冲洗。不能够坚持进行每天的坐浴，造成肛门皮肤黏膜细菌感染，最终导致肛瘘的复发。

肛瘘按瘘管的位置可分为低位肛瘘，瘘管位于肛门外括约肌深部以下者和高位肛瘘，瘘管位于肛门外括约肌深部以上，并且跨越外括约肌深部，按瘘管和瘘口数量分为单纯性肛瘘一个内口、一个外口和一个瘘管和复杂性肛瘘多个瘘口和瘘管。根据瘘管与括约肌的关系可以分为括约肌间瘘、经肛门括约肌瘘、肛门括约肌上瘘、肛门括约肌外瘘。大致可分为高位低位，单瘘或多瘘以及触及皮肤黏膜下的瘘管。最典型的肛瘘是瘘管贯穿肛门括约肌，有两个口连接。非典型的肛瘘只有一个口，并且瘘管中间有一个硬结。

肛瘘与肛周脓肿其实是直肠坐骨肛管周围进行感染同一种疾病的不同分期，肛周脓肿是急性期，而肛瘘是慢性期，从解剖学上来说，肛瘘包括内口、外口以及窦道根据窦道的多少、以及内口的高低，在临床上又分为低位肛瘘、高位肛瘘，单纯性肛瘘，复杂性肛瘘，一般来说，对于内口不穿过肛提肌的肛瘘，或者说低位单纯性肛瘘。临床上治疗非常简单，也就是，通过外口找到内口，然后将整个肛瘘连同窦道完整切除。就可以达到一期完全治愈的目的。而临床上比较棘手的是高位复杂性肛瘘、高位复杂性肛瘘，因为有多个窦道和内口，一次手术当中不一定能够全部找到所有的内口以及窦道，即使行肛瘘挂线治疗以后，容易再次出现复发而表现为局部的肛瘘症状，通常需要两次，甚至三次以上的肛瘘挂线，才可以获得治愈。

肛瘘手术常会在肛门直肠部位形成比较大的创面。而且术后会有不断的分泌物和渗出液的外排，保持局部清洁对于肛瘘术后是比较困难的事情。第一，坐浴是肛瘘术后非常重要的手段。建议每次排便以后要及时坐浴，每次换药之前也要进行坐浴，所以每天坐浴次数最好是2~3次，推荐一早一晚进行坐浴。第二，局部冲洗，如肛瘘比较复杂创面较大较深，在换药时特别是在换药之前，一定要做好局部的冲洗，使得脓腔和创面不要有残留的污染物，才能够促使创面顺利愈合。第三，换药非常重要，要根据医生要求到医院定期进行复查，由医生来对创面进行清理，避免假愈合的出现，促进伤口及时愈合。

高位肛瘘和低位肛瘘是以提肛肌为界限，位于提肛肌以上的叫做高位肛瘘，提肛肌以下称为低位肛瘘。如果外口两个以上，称之为复杂性的肛瘘。如果是复杂性的高位肛瘘指的就是内口在括约肌以上，外口有两个以上的情况，就叫复杂性高位肛瘘。高位肛瘘涉及的括约肌比较多，如果不及时治疗，就会严重影响肛门的功能。这种情况下，在手术过程当中要进行下意识的保护。但，即使是手术过程当中进行了肛门括约肌的保护，但由于肛周脓肿引起的高位肛瘘已经侵犯到了肛门括约肌，可能对肛门功能已经造成了一定的影响。所以在手术过程当中或手术后还是可能会发生肛门功能下降的情况。