内镜逆行胰胆管造影检查，虽然相对而言较为安全，但仍有部分患者可能会出现以下并发症。
一、药物过敏反应。部分患者可能会因造影剂，或检查前应用的相关药物，而出现头晕，皮疹、哮喘等过敏反应。
二、感染。人体消化道内存在大量正常菌群，向胆管或胰管内注入造影剂时，可能会因肠道内细菌入侵，或药物本身刺激，而引发胆管炎或胰腺炎。因此检查后如出现，腹痛、寒颤、发热等症状，应及时就医应用抗生素，或采取其他必要措施进行治疗。
三、出血或穿孔。少数患者可能会因内镜插入，所造成的机械性损伤或进行相应治疗，而出现消化道穿孔或出血等并发症。
四、全身并发症。部分高龄或存在危险因素患者，术后可能会出现心律失常，心肌梗死、低氧血症，肺炎、脑卒中等并发症，极少数患者甚至可能会因，病情恶化而导致死亡。
五、检查失败。如胆管或胰管，存在先天性解剖结构异常，则可能会导致检查失败。而部分患者即使给予适量镇静剂，也有可能会因镇静效果不佳，或配合度过低等，导致检查无法正常进行。此外，如检查过程中，患者出现呼吸困难，低氧血症、低血压等症状，为确保安全，也可能会考虑提前终止检查。
六、其他并发症。诊治过程中如造成胆管或胰管损伤，则有可能会引起胆管炎、胆漏，腹膜炎、胰腺炎等并发症。