痔疮手术后遗症有肛门的狭窄、感觉性肛门失禁。如果正确的操作，选择合理的适应症，采用合理的手术方法，后遗症是非常少的，尽管少但也会碰到，常见后遗症，如肛门的狭窄，尤其是环状痔疮，肛门局部，一圈全是痔疮，为了治疗彻底，对于肛管皮肤，保留的会比较少，愈合了之后，会造成肛管的狭窄，还有别的手术方法，如吻合器的手术，术后也会出现狭窄环的情况，但比较少见。
做痔疮手术是不动括约肌的，除非痔疮是环状的，为了防止狭窄，会做后方括约肌的松紧，会切开一部分括约肌，但肛门部跟没手术之前不一定完全一样。
感觉性的肛门失禁，是由于肛门部的感觉，都在齿线的附近，因为齿线附近，都被痔核占据以后，痔核切除比较多，往往一部分的感受器可能会随着痔疮的切除被破坏掉了，所以会有感觉性的一部分失禁，随着术后恢复，症状会逐渐减轻。