低位肛瘘，同样属于肛瘘的一种。肛瘘主要是继发于肛周脓肿行脓肿切排以后。形成的坐骨直肠周围间隙慢性感染形成的窦道，解剖学上来说分为内口外口与窦道。
所谓的低位肛瘘也就是指整个肛瘘位于肛管直肠环的下方，内口一般来说开口于齿状线的下方，因为仅仅位于皮下粘膜层，粘膜下层。
而与肛管直肠环没有相关性或者说不穿过肛管直肠环，对于低位肛瘘，临床治疗上通常采用局部麻醉或者是硬膜外麻醉，或者是腰麻、甚至全麻，将肛瘘连同窦道一次性的完整的梭形切除，全面敞开，术后以1比5000高锰酸钾坐浴。局部涂以痔疮膏，或者油性的比如凡士林软膏。同时饮食上避免进食油腻辛辣刺激食物，多进食新鲜的蔬菜水果等高纤维素食物，保持大便通畅，通常1~2周左右，就可以获得治愈。