首先，男性在阴茎勃起的时候根部疼痛，要看看阴茎根部是否有一些皮肤的皮损、皮肤的裂伤，出现皮肤裂伤，在勃起的时候可能裂伤会加剧，会出现阴茎的根部疼痛。
在阴茎没有裂伤情况下，比较多见的阴茎勃起以后的根部疼痛，是由于男性前列腺炎引起来的，因为男性前列腺炎，前列腺属于一种充血状态，前列腺是一个内脏器官，充血和炎症会投射到体表，很多人投射的都在阴茎区和会阴区，前列腺炎一般是无菌性的炎症，会出现放散痛。一般这样的患者是有长期的饮酒史，尤其是饮白酒史，有长期的久坐的历史或长期的开车，长时间的骑车，这种情况就多见于前列腺炎的充血。这样的患者在勃起的时候很容易出现勃起的疼痛，尤其是勃起的阴茎的根部疼痛，注意比较好的改善生活习惯，注意不饮酒，少久坐，少吃辛辣食物，这些对阴茎的勃起疼痛都会有一些改善作用。前列腺充血引起的阴茎的疼痛一般都不是很剧烈，一般都是以酸胀感为主要表现。
还有一种就是阴茎的痛性勃起，病理性原因就是阴茎硬结症，阴茎硬结症就是在阴茎的发生的硬结牵拉，海绵体的白膜在勃起的时候，白膜的牵拉引起疼痛。对于阴茎硬结症，如果症状较轻的，可以通过一些药物进行治疗，对于硬结症疼痛较重，同时又合并勃起的阴茎的侧弯、上弯、下弯，这些情况侧弯又比较大，影响性生活的，就建议采用手术治疗方法。到底是什么原因引起的阴茎痛性勃起，还是要找专业的医生进行诊断以后，明确再进行相应的治疗，是首选的方案。