嗜肺军团菌感染不是很严重，军团菌肺炎首选大环内酯类或氟喹诺酮类，四环素类、利福平等也有效。氨基糖苷类及青霉素、头孢菌素类抗生素对本病无效。初始治疗应通过静脉给药。通常3～5天出现临床治疗的反应，而后给予口服序贯治疗。对免疫力正常的患者整个治疗疗程为10～14天，对于免疫缺陷者和晚期病例应延长至3周。