目前认为与遗传因素、免疫因素、环境因素以及感染因素的综合作用有关。15%的结肠炎患者的亲属也会患上结肠炎。免疫反应，部分患者感染细菌，可与结肠抗原发生反应。还有环境因素，在很多发达国家以及地区，结肠炎的发病率就较高，这可能与生活习惯以及方式有关。