肛瘘在临床上分为简单肛瘘和复杂性肛瘘两种。简单性肛瘘和复杂性肛瘘，又细分为低位肛瘘和高位肛瘘，就叫低位简单肛瘘、低位复杂性肛瘘、高位简单性肛瘘和高位复杂性肛瘘4种情况。简单肛瘘，只有一个外口和内口。复杂肛瘘则有多个外口和内口。瘘管超过肛提肌以上是高位肛瘘，反之在肛提肌以下为低位肛瘘。
肛瘘的诊断需要专业的临床医生进行诊治，才能够下出诊断。简单肛瘘位置浅，瘘道直，手术简单。复杂低位肛瘘，由于内核位置不高，所以手术也不复杂。但高位肛瘘无论是简单的瘘还是复杂瘘，手术相对比较困难。因为瘘管走行的位置比较高，处理不好瘘管和内口就会手术失败，给患者造成巨大痛苦。所以对复杂的低位肛瘘采取立刻手术，重点是保护肛门功能同时治愈的方法。