小儿慢性腹泻可以选择深度水解治疗，或是服用氨基酸奶粉，对腹泻有帮助。有些儿童乳糖不耐受，就需补充一定的乳糖酶，或服用不含乳糖的奶粉，这样孩子的慢性腹泻会得到帮助，同时适当给孩子补充益生菌或胃肠黏膜保护剂和电解质，首先要明确病因，不同病因，治疗方法会不同。
首先要明确慢性腹泻原因不同，治疗方法有差异性。孩子腹泻时间超过两个月以上，称为慢性腹泻。婴幼儿胃肠功能比较弱，感染后，孩子可能控制不好，可能迁延成慢性状态，出现慢性腹泻，除感染之外，可能会出现胃肠功能紊乱，可以适当给孩子使用抗生素的同时，保护胃肠黏膜，适当补充益生菌，可能有帮助。当然还有慢性腹泻，是因为食物过敏造成，特别是在婴幼儿期，如果因为母乳或奶粉造成腹泻，很易造成慢性状态，这时可以尽可能回避过敏原。